Als SpongeBob eine lange Hose anzieht, verändert sich sein Alltag in Bikini Bottom auf überraschende Weise. Die Hose bringt neue Seiten an ihm zum Vorschein und beeinflusst seine Interaktionen mit Freunden und Umgebung. SpongeBobs Persönlichkeit und Erlebnisse werden durch das neue Kleidungsstück auf eine humorvolle Art und Weise transformiert.
Während des Amerikanischen Bürgerkriegs erhält Colonel Marlowe den Befehl, mit einer Brigade Kavallerie weit in das Gebiet der Konföderierten vorzustoßen und dort Gleisanlagen und Brücken zu zerstören, um den Nachschub des Gegners zu blockieren. Bei dem gefährlichen Einsatz kommt es zu wachsenden Spannungen zwischen Marlowe und dem pazifistisch gesinnten Arzt der Truppe. Der Film gehört... Der letzte Befehl