Die Ninja Turtles befinden sich in einer schwierigen Lage, da sie auf der Flucht sind und auf sich allein gestellt. Leonardo, der Anführer der Gruppe, steht vor der Herausforderung, seine Führungsrolle zu definieren, wenn er niemanden anführen kann. Gleichzeitig muss er sich der Bedrohung durch Bishop und ihre Mechazoids stellen und alles daran setzen, seine Brüder zu retten.
